Jest rok 1614. Japonia, zjednoczona pod rządami Ieyasu - pierwszego Shoguna z rodu Tokugawa, zaczyna cieszyć się pokojem. Dwie odległe, ukryte w górach wsie Nina - Manjidani należąca do rodu Koga i Tsubagakure należąca do rodu Iga - są odwiecznymi wrogami.

Od wielu lat jednak wiąże je umowa, wymuszona przez pierwszego Hattori Hanzo, która zabrania im używać sztuk walki przeciwko sobie. Gennosuke z rodu Koga i Oboro z rodu Iga, następcy przywódców wsi, zakochali się w sobie i spotykają się potajemnie. Ale parę czeka tragiczne przeznaczenie. Shogun Ieyasu i jego świta uknuli podstępny plan, by ostatecznie pozbyć się obu rodzin – wsie Manjidani i Tsubagakure mają znów stanąć do walki przeciwko sobie i zostać zgładzone. Pięciu ninja ze wsi Manjidani należącej do rodu Koga ma walczyć z pięcioma ninja ze wsi Tsubagakure należącej do rodu Iga. Od tego, kto zwycięży zależy, który z synów Ieyasu będzie jego następcą. Dziesięciu najlepszych ninja zostaje wybranych i rozpoczyna się wielka wojna pomiędzy rodami Iga i Koga. W rezultacie, Gennosuke i Oboro spotykają się ponownie, tym razem jednak jako przeciwnicy.